Нажаль методів, які б на 100% контролювали ваточник сирійський, поки що не знайдено. Проте контролювати його чисельність все ж таки можна.
Найефективніше контролювати даний вид бур'яну будуть гербіциди на основі солей гліфосату - Вулкан Плюс, Деліт у нормі від 2,5 до 6,0л/га.
Ще більш ефективним буде контроль при додаванні до гліфосатів препаратів на основі 2,4-Д, дикамби та МЦПА, наприклад, Дикам плюс з нормою не менше 0,8л/га. Обробку бажано провести в фазу бутонізації – цвітіння ваточника, найбільш вразлива фаза при застосуванні даних препаратів.
Слід відмітити, що препарати на основі 2,4-Д, дикамби та МЦПА, при застосуванні їх самостійно є мало ефективними.
Добрі результати показує застосування препаратів на основі римсульфурону Крейсер в дозі 40-50 г/га при використанні в чистому виді у фазі одного трьох листків ваточнику та в поєднані з дикамбою - Апач в нормі 0,4-0,5 кг/га з обов’язковим використанням ПАР Флокс 0,2 л/га.
Ще кращі результати показують гербіциди на основі клопіраліду Легіон, що використовуються саме для боротьби з коренепаростковими бур’янами. Використовують їх в нормі 0,2 кг/га + ПАР Флокс 0,2 л/га.
Застосовуючи дані препарати, слід пам’ятати, що ефективними вони будуть (крім клопіраліду) тільки проти наземної маси не завдаючи при цьому значної шкоди підземним кореневищам.